WB和qPCR的實驗重復有什么區(qū)別?
來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學整體課題外包平臺
文章開始前,大家可以先思考一下:1 如果你的樣本是細胞株/細胞系,你做的實驗重復是算技術性重復還是生物學重復?2 生物學重復的難度更高還是技術性重復的難度更高?
我們曾經多次強調過,為了確保精確度和準確度、盡可能避免玄學和誤差,每個檢測項都應該實現三次生物學重復和三次技術重復。
雖然實際實驗中很可能沒有這個條件,但了解通過重復避免誤差的原理有助于優(yōu)化現有實驗方案。
普拉特澤生物為廣大生命科學研究人員提供wb實驗和qpcr檢測,可根據實方案的要求選擇不同的檢測方法
生物學重復:在同樣的實驗條件下取不同生物來源的樣本。如同一培養(yǎng)條件下培養(yǎng)三組不同來源的原代細胞或動物,從每一組中使用同樣的操作方法取等量的細胞、組織樣本進行實驗,就是三組生物學重復。一句話概括就是用不同的生物個體或獨立來源的樣本重復你的實驗。
生物學重復的目的是為了觀察實驗結果是否在生物個體間具有普遍性,排除個體差異或生物本身的自然變異對結果的影響。
技術重復:以同樣的實驗條件對同一樣本進行多次測量或重復處理。如同一樣本以同樣方法測量三次吸光度。
技術重復的目的是為了確認實驗操作(如人、儀器、步驟)的穩(wěn)定性和精確性,排除人為操作、機器檢測上的技術誤差。
以最常做的實驗WB和qPCR為例,我們將分別說明如何在有限的樣本數量內實現生物學重復和技術重復。
一塊膠上的泳道數量有限,每一個生物學樣本都在一塊膠上做三次技術重復,一方面不現實(孔位不夠);另一方面所有樣本其實都在一個孔內同步反應,無法充分暴露批次操作帶來的差異,而wb的技術誤差主要來自于蛋白提取、凝膠質量、抗體孵育操作等其他環(huán)節(jié)引入的技術偏差。
同時,Western blot的核心目的是觀察樣本的生物學差異(例如藥物處理對蛋白表達的影響),而不僅僅是檢測實驗操作的準確性。
相較于同一份樣本的多次測量,使用多份獨立生物學樣本(例如不同培養(yǎng)皿的細胞、不同動物個體)更能反映真實效應。因此,在WB實驗中,一塊膠內不做技術性重復,要做技術性重復,就用同一組樣本再跑一次膠。
以下是一個參考方案:
1. 對照組+實驗組(如不同實驗條件a/b/c),對照組占一個孔,a/b/c各占一個孔,合并起來為一組(如此例中一共有4個孔);
2. 準備至少3份這樣的實驗組樣本a/b/c,每一實驗組單獨實驗,合計做了3次;
3. 在每一組實驗內,不再進行技術重復,即任何樣本在一次WB實驗時都不需要再設置復孔。
對于qPCR,讀數基于96孔板,技術性檢測就很好辦了,96孔板的通量足夠高,生物學重復和技術性重復可以兼顧。
同時,因為96孔板每一個孔的反應都是獨立進行的,它并不像western blot的sds-page膠那樣所有孔都在一塊膠上反應,因此技術性重復和生物學重復在同一塊板內一次進行是能OK的。因為它的反應過程遵循了“孔位獨立反應,結果互不干擾”這一點。
以下是一個參考方案:
1. 對照組+實驗組(如不同實驗條件a/b/c),對照組占一個孔,a/b/c各占一個孔,合并起來為一組(如此例中一共有4個孔);
2. 由于一塊板有足夠多的孔,可以將多個組放在一塊板同時反應,保證至少3次生物學重復;
3. 一個樣本的技術性重復另外做2個,也可以放在一塊板里同時反應;
4. 也就是技術性重復3次,生物學重復3次?;旧?6孔板肯定夠。
最后,回到文章最初的那兩個問題,大家可以在評論區(qū)分享一下你的看法。